Gracias por tu interés. Antes de contestar me gustaría comentar que las respuestas que pueda dar no son las de un experto en la materia ni mucho menos, sino las de un estudiante de máster que ha pasado unos meses trabajando en el laboratorio con el tema, así que tómense con precaución.
Con respecto a la «vacuna vegetal», sí, es cierto que es una analogía que se utiliza bastante a la hora de explicar este tipo de estrategias. Lo que hay que tener en cuenta es que en este caso es probable que la infección previa de baja agresividad vaya a permanecer en el cultivo «vacunado».
El mecanismo de silenciamiento es generalizado. De hecho, con ese término se engloba un conjunto de mecanismos que no solamente tienen importancia en la defensa frente a infecciones, son también vitales para los procesos del desarrollo de los organismos. Así se regula la expresión de genes de la propia planta en distintos tejidos y momentos de su crecimiento, por ejemplo.
Espero haber contestado a tus preguntas.